Cechami odróżniającymi komórki brunatnic i komórki miękiszu asymilacyjnego roślin nasiennych są m.in. budowa chloroplastów oraz substancje zapasowe. Chloroplasty brunatnic otoczone są czterema błonami, podczas gdy u roślin nasiennych posiadają one dwie błony. Z kolei różnica w substancjach zapasowych polega na tym, iż u roślin naczyniowych jest to skrobia, a u brunatnic laminaryna.