Rekombinacja genetyczna dotyczy jedynie zmienności kombinacji alleli już istniejących. Procesy prowadzące do rekombinacji przebiegają w sposób zaplanowany i kontrolowany. Mutacje zaś mogą dotyczyć pojedynczych alleli, chromosomów, czy nawet ilości chromosomów. Ich zachodzenie jest spontaniczne i niekontrolowane. Zmiany spowodowane mutacjami niejednokrotnie prowadzą do powstawania ciężkich chorób czy nawet powodują śmierć organizmu.