O endosymbiotycznym pochodzeniu chloroplastów i mitochondriów świadczy:
• obecność kolistego DNA / nagiego DNA / DNA niezwiązanego z białkami histonowymi;
• podobieństwo strukturalne rybosomów chloroplastowych i mitochondrialnych do rybosomów bakteryjnych / 70S;
• otoczenie organellów dwiema (lub więcej w przypadku chloroplastów) błonami (z których wewnętrzna / najbardziej wewnętrzna przypomina budową bakteryjną błonę komórkową, a zewnętrzna błona / pozostałe błony mają budowę charakterystyczną dla eukariontów);
• powstawanie mitochondriów i chloroplastów przez podział istniejących/ fakt samopowielania się mitochondriów i chloroplastów;
• podobieństwo sekwencji DNA mitochondriów i chloroplastów do sekwencji DNA bakterii;