Bakterie autotroficzne posiadają w komórce barwniki asymilacyjne, głównie bakteriochlorofile a także karotenoidy (bakterie fotosyntetyzujące), lub też mają zdolność przekształcania związków nieorganicznych w organiczne (bakterie chemosyntetyzujące). Bakterie heterotroficzne wykształciły mechanizmy ułatwiające im np pasożytniczy tryb życia poprzez wytworzenie w ścianie komórkowej substancji chroniących przed strawieniem bądź mechanizmami odpornościowymi żywiciela. Inne z kolei potrafią wejść w symbiozę z innymi organizmami.