Obecność określonych podstawników wpływa na to:

1. jaki ładunek ma dany aminokwas:

• kationy tworzą aminokwasy, które posiadają dodatkowe grupy aminowe -  mają one zdolność reagowania z anionami,
• aniony tworzą aminokwasy, które posiadają dodatkowe grupy karboksylowe (-COOH) - mogą one reagować z kationami,
• jony obojnacze tworzą aminokwasy, które posiadają jedną grupę aminową i jedną grupę karboksylowe - są one elektrycznie obojętne.

 

2. czy aminokwas wykazuje powinowactwo do wody:

• aminokwasy hydrofobowe mają podstawniki zbudowane z węgla i wodoru; należą tu także metionina i tryptofan
• pozostałe aminokwasy są hydrofilowe