Krążenie materii w ekosystemie dotyczy pierwiastków, które wchodzą w skład organizmów żywych, oraz tych znajdujących się w glebie czy skałach. Można powiedzieć, że materia krąży między środowiskiem nieożywionym - biotopem, a organizmami żywymi - biocenozą. Krążenie materii, jak sama nazwa wskazuje sprowadza się do zamkniętego cyklu. Głównym poziomem troficznym w obiegu materii są producenci, do których zalicza się fotoautotrofy i chemoautotrofy. Producenci wytwarzają związki organiczne ze znajdujących się w glebie związków nieorganicznych w procesie fotosyntezy lub chemosyntezy. Kolejnym poziomem są konsumenci. Roślinożercy zjadają rośliny i wbudowują wytworzone przez nie związki organiczne w swoje tkanki. Również drapieżnicy korzystają ze związków organicznych konsumentów niższego rzędu. Ciała obumarłym organizmów zostają rozłożone przez destruentów (bakterie i grzyby) i w postaci związków mineralnych trafiają z powrotem do gleby, skąd są pobierane przez producentów. I tak cykl się zamyka.