Komórka pantofelka otoczona jest błoną komórkową pokrytą licznymi, krótkimi rzęskami. Wnętrze komórki wypełnione jest płynną cytoplazmą, w której zanurzone są pozostałe organella. Protisty, do których należy pantofelek, są organizmami jądrowymi, zatem w skład ich komórki wchodzi jądro, a w przypadku pantofelka są to dwa jądra - małe i duże. W komórce znajdują się jeszcze dwa rodzaje wodniczek - tętniące i pokarmowe.